Les transitions entre le milieu marin et le milieu terrestre à l'origine de la diversité actuelle des eucaryotes
Une équipe internationale dirigée par des chercheurs de l’Université d’Uppsala en Suède et comprenant des équipes de Institut des Sciences Marines de Barcelone en Espagne, de l'Académie des Sciences Chinoise, et de l'unité Adaptation et Diversité en Milieu Marin de la Station Biologique de Roscoff(AD2M, CNRS/Sorbonne Université) a découvert que les eucaryotes (organismes dotés d’un noyau cellulaire) ont, au cours de leur évolution, fait des centaines de transitions entre d'une part le milieu marin et d'autre part les écosystèmes d'eau douce et le sol et vice versa, Les résultats, publiés dans Nature Ecology and Evolution, donnent également un aperçu de ce à quoi ressemblaient les habitats de nos anciens ancêtres microbiens.
Les transitions majeures d'habitat, comme le passage d’une vie marine à une vie terrestre sont des événements évolutifs clés qui peuvent déclencher des explosions de diversité. Cependant, on ne connaît pas la fréquence de ces transitions d’habitat au cours de l'évolution ni où elles se situent sur l'arbre du vivant, qui comprend les animaux, les plantes, les champignons, mais aussi une énorme diversité microbienne qui peut à peine être vue à l’œil nu.
Ces travaux cherchent à comprendre comment la préférence d’habitat (marin ou non marin) a évolué chez les eucaryotes au cours des 2 derniers milliards d’années. En particulier, à découvrir la fréquence et le rôle des transitions chez les eucaryotes microbiens souvent négligés alors qu’ils sont incroyablement diversifiés et contiennent des groupes tels que les ciliés, les algues vertes, les diatomées, les champignons, les amibes, etc...
De nouvelles technologies ont été utilisées pour séquencer de longs fragments à partir de l’ADN de microbes issu d'un petit nombre d'échantillons prélevés dans des lacs boréaux, dans des sols forestiers, dans l’Océan Indien, dans la fosse des Mariannes et dans d'autres environnements. Cette base de données publique contenant plus de 4,000 échantillons a été établie par Daniel Vaulot (directeur de recherche émérite, UMR 7144) en collaboration avec une équipe de Singapour (Nanyang Technological University) et l'équipe d'Uppsala et vient d'être publiée dans la revue Molecular Ecology Resources. Ces longs fragments ont été comparés avec les séquences environnementales courtes stockées dans une nouvelle base de données bâtie à partir de séquences brutes publiées et déposées dans les banques publiques (GenBank).